Üçağızlı II Mağarası, Hatay’ın Yayladağı ilçe merkezinin 13 km
kuzeybatısında, Asi Nehri’nin 14 km güneyinde ve Meydan Köyü yakınlarında yer
almaktadır. Akdeniz’in kuzeydoğu kıyısında, Türkiye-Suriye sınırının birkaç
kilometre kuzeyinde bulunan mağara, ekolojik ve topografik olarak Levant kıyı
şeridinin en kuzeyinde, Toros Dağları ve Anadolu Platosu’nun kesiştiği bölgenin
ise güneyinde yer almaktadır.
Akdeniz’in tipik kireçtaşı mağaralarından biri olan Üçağızlı II Mağarası deniz kenarında, deniz seviyesinden yaklaşık 7 m yüksekliktedir. Kireçtaşı kayaçları denizin sıfır noktasına kadar dik, deniz içerisinde ise 3,2 km yatay konumda ilerleyerek sonlanır. Mağaranın kuzeyinde Asi Nehri ve 7 km uzunluğundaki Asi Deltası yer almaktadır. Ancak, deniz seviyesinin alçak olduğu zamanlarda, bu delta ovasının daha geniş bir alanı kapladığı düşünülmektedir.